选题阶段：论文的选题，也即是科研的选题，有时一项科研可产生多篇论文。选题过程一般可分为三步：
1.1初拟题目：在这项工作之前必须手中有信息、资料和设想，当然可以是前瞻性研究或回顾性总结，大致可有以下几个方面：⑴临床遇到的罕见病和疑难病例；⑵危重病人的诊治经验；⑶阅读国内外文献、参加学术会议受到的启发，进行技术和方法的移植研究；⑷新药、新仪器的临床应用，新的诊断方法及治疗经验；⑸上级布置或招标的题目。在初步考虑拟选题目之后，应进行全面的文献检索，避免题目类同、结论陈旧和不符合客观事实。在别人研究成果基础上寻找尚未解决的问题作为自己的研究题目。
1.2实验研究阶段：这包括应用国外或国内的先进手段、药物、手术方法、检测等进行临床试用、观察和随访调查，并用动物或正常人作对照试验，要求详细记录各种数据及资料，作为论证和评价成果的依据。
1.3整理、分析资料和总结阶段：对以上资料进行统计分析，绘制图表，临床分析和比较，得出显效、有效和生存率、死亡率、发病率等结论，并分析其相互关系，引证文献作对比。分析成功和失败的原因及制约因素，并对病因学、流行病学、发病机制进行论证，包括预后的估价。最后对论文作出自我评价，提出有待进一步探讨的问题。
1.4撰写论文阶段：该详则详，该简则简，文字简练，用语准确，恰如其分，切忌浮夸和虚构。当然，在产生论文以前，每位作者必须学会文献检索，统计学的基础知识的X2检验、T检验、F检验、相关分析、回归运算、如何选择样本大小等，努力阅读医学情报信息和文献积累，在实践中不断总结，逐步提高写作水平，这样才能水到渠成写出真正好的论文
2、医学论文撰写中的常见问题
2.1科研设计的选题与立题问题
2.1.1标题太长，主题不突出。
2.1.2标题与内容不符，或题目太大而内容贫乏。
2.1.3标题单调，主题不明确关于题目要求：⑴可检索性；⑵特异；⑶明确；⑷简短。命题方法：⑴方法；⑵结论；⑶探讨。
2.2关于把“构成比”当“率”的概念问题。在医学文献中，我们发现有些作者对患病率、发病率、死亡率、感染率等概念混淆不清。
2.3关于疗效的确切评价问题
2.3.1只有观察组没有对照组：有比较才能有鉴别，医学研究结果如无适当的对照比较，就难结论。即使有了对照组，若两者之间没有可比性，同样不能得出确切的结论。
以上可见，对照组与实验组一定在性别、年龄、病情、病期、病型、部位、疗程等条件大致相同的情况下，才有可比性，其结果才有科学价值。
2.3.2病例资料经过有意无意的挑选：有些论文，对所谓“资料不全”、“疗程未满”、“未随访到”的病例剔除不计，这样所得的结果往往比实际疗效高，因为若如此剔除，其结果的科学性必然成问题。更有甚者，对一些数据，主观臆断地以某种原因为理由加以剔除，完全失去了这次研究的意义
2.3.3考核方法和考核指标的科学性不够。⑴无明确的客观指标、仅凭患者主诉进行考核；⑵观察、研究人员的主观偏面性；⑶考核标准过低；⑷数据未经统计学处理；⑸考核方法不够科学。统计学分析的差错。⑴对照组的设立（随机同期对照、历史性对照、不同地区或医院的对照交叉对照）；⑵随机化分组（简单、区组、分）；⑶盲法（非盲、双盲）。
以上资料，说明了在考核疗效时一定要注意：⑴病例资料的可比性；⑵客观数据要经统计学处理；⑶考核指标要有严格的科学性（可比性、指标不能过低，不能有主观偏面性等）。图表的应用问题：图表是表达研究数据，使之一目了然的最简洁方法。一般来说“图”是从“表”来的，可以使读者从图中看出一个大概趋势和实验内容。在图表应用上，可用文字表达的就尽可能不用图表，必需用的也不宜过多，一般在4幅以内。
3、写作技巧问题
论文要使读者喜爱就必须求“新”、“精”、“全”.文字简练达到“量体裁衣”的水平，力争达到“少一句不够，多一句嫌罗嗦”的要求。一般论著字数在2500～5000字左右，摘要在1500～2000字左右，病例报告在1000字左右。字迹要端正。简化字要规范，不用自选字及自选简化字。各种符号亦要符合规范。其他当有医学名词、药物名词、数字、统计学符号、缩略语、基金资助、著作权法等问题，一切均按国家及中华医学会规定的标准执行。计量单位请按法定计量单位书写。
